人口、産業が集中し、汚濁が著しい広域的な閉鎖性海域である東京湾、伊勢湾及び瀬戸内海を対象に、昭和５４年度より水質総量規制を実施し、化学的酸素要求量（COD）、第５次には富栄養化の原因物質である窒素及びりんも規制対象として追加され、汚濁負荷量の測定・削減対策を推進しています。 排水量が５０ｍ3／日以上の工場・事業所に対する総量 規制のほか、下水道、浄化槽等の生活排水処理施設の整備、また工場・事業所に課せられる義務として汚濁負荷量の測定・削減について取組まなければなりません。 その結果、指定水域の水質は改善傾向にあるものの、当該海域におけるCOD、窒素及びりんの環境基準達成率は十分な状況にはなく、富栄養化に伴う問題が依然として発生している現状です。 更なる負荷量の削減を必要とした第6次水質総量規制について現在答申が行われ平成２１年度を実施目標として検討されています。
